مَدرسۃالمدینہ کے نظام کو بہتر انداز میں چلانے کے لئے مختلف سطحوں پردرج ذیل ذمہ داران مقرر کئے گئے ہیں:
- حفظ کے بچوں کو پڑھانے کے لئے حافظ مُدرس کا تقرر کیا جاتاہے ۔
- مدنی قاعدہ و ناظرہ کے بچوں کو پڑھانے کے لئے حافظ ہونا شرط نہیں بلکہ ناظرہ خواں مُدرس کا بھی تقرر کر لیا جاتاہے۔
- پورے مدرسے کے انتظامی ، تعلیمی و اخلاقی معاملات کو دیکھنے کے لئے ناظمِ مَدرسہ کا تقرر کیا جاتاہے ۔
- مدرسے میں صفائی ستھرائی اور مدرسے کے دیگر متفرق کاموں کے لئے ضرورت کے مطابق خادم کا تقرر کیا جاتاہے ۔
- مدرسے میں حفاظتی امور کے معاملات کے لئے ضرورت کے مطابق بوّاب یعنی چوکیدارکا تقرر کیا جاتاہے ۔
- مدرسے کے ہر ہر بچے کا سہ ماہی ، ششماہی ، نو ماہی اور سالانہ تعلیمی و اخلاقی امتحان لینے کے لئے مفتش کاتقرر کیا جاتاہے ۔
- ایک کابینہ میں موجود تمام مدارس کے انتظامی ،تعلیمی و اخلاقی معاملات کو دیکھنے کے لئے ناظم اعلیٰ کا تقرر کیا جاتا ہے ۔
- ایک ریجن میں موجود تمام کابینہ کے انتظامی ،تعلیمی و اخلاقی معاملات کو دیکھنے کے لئے ریجن ذمہ دار کا تقرر کیا جاتا ہے ۔
- مُلک بھرمیں موجود تمام ریجن کے انتظامی ،تعلیمی و اخلاقی معاملات کو دیکھنے کے لئے نگرانِ مجلس مقرر کیا جاتا ہے ۔
- ان دفاتر میں کام کی نوعیت کے اعتبار سے اہل اسلامی بھائیوں کا تقرر کیا جاتا ہے ۔
- مدرسۃ المدینہ بیرون ملک کے معاملات کو دیکھنے کے لیے ذمہ دار کا تقرر کیا گیا ہے جب کہ تفتیشی نظام بھی موجود ہے۔
- دنیا بھر کے مدارس المدینہ کا نظام مدرسۃالمدینہ کے متعلقہ رکنِ شوریٰ کے زیرِ نگرانی ہے ۔
- زون اور مُلک سطح پر مختلف کارکردگیاں بنانے اور ریکارڈ محفوظ رکھنے کے حوالے سے دفاتر قائم ہوتے ہیں، ان دفاتر میں مدرسۃالمدینہ کے مختلف شعبہ جات کی مختلف کارکردگیاں مثلاً:
- ماہانہ حاضری کارکردگی
- مشاہرہ جات کی ترکیب
- تعلیمی و اخلاقی کارکردگی
- تکمیلِ حفظ و ناظرہ کی کارکردگی
- مدنی قافلہ و مدنی انعامات کی کارکردگی
- نئے درجات و مدارس کی کارکردگی
- مدنی عملے کے تقرر،تبادلے، تفہیم، مستعفی و معذرت ناموں کی کارکردگی
- مدنی عطیات و خودکفالت کی کارکردگی
- اسناد کے اجراء کی کارکردگی وغیرہا بنائی جاتی ہے ۔